As URLs http://example.com/category/article e http://example.com/category%2farticle não são iguais. De acordo com RFC 2616 §3.2.3 , os caracteres reservados têm significado especial (o que é, afinal de contas, todo o sentido do escape de URL). RFC 2396 §2.2 lista / como um caractere reservado. No contexto de URLs HTTP, / delimita elementos de caminho, enquanto %2f é uma barra literal.
No Apache, AllowEncodedSlashes On impediria que a solicitação fosse imediatamente rejeitada um 404.