Eu resolvi meu problema (*) graças à sugestão do ipse lute. Talvez a sugestão de JonasCz tenha funcionado bem, mas como essa questão era sobre a exclusão de partições, percebi que (no início) era uma questão diferente. Então, se você está tendo o mesmo problema que estava tendo, talvez queira dar uma olhada em Não é possível excluir as partições do Drive USB (Erro de tamanho de bloco ) primeiro e tente se isso resolve o problema. Em caso afirmativo, você não precisará reformatar e usar o Unetbootin para recriar o ambiente ativo.
O que eu fiz foi:
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Reformate a unidade usando o aplicativo 'Disks' (escolha 'Formatar disco' / CTRL + F no menu do hambúrguer)
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Crie uma partição FAT32 de 2 GB e monte-a (novamente usando o aplicativo 'Disks')
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Crie todas as outras partições no espaço restante (no meu caso, uma única partição EXT4 criptografada de 2GB LUKS)
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Instale o Unetbootin e use-o para recriar o ambiente Live na partição FAT32 de 2 GB
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Defina a partição FAT32 como 'inicializável' usando o aplicativo 'Discos'.
(*) - Na verdade, as etapas acima são soluções IMHO para bugs no 'Startup Disk Creator' (que usava um tamanho de bloco defeituoso) e no Unetbootin (que falhava em definir a partição como 'inicializável').