Se você puder atualizar a instalação do Apache para o 2.2.x, os arquivos maiores deverão funcionar por padrão (já que o 2.2 usa deslocamentos de posição do arquivo de 64 bits por padrão, se suportado pelo SO).
Eu acredito que suporte similar é possível diretamente no Apache 2.0.x, pelo menos em versões secundárias posteriores, mas geralmente somente se você compilar sua própria versão customizada.