Use LVM, não partições
O problema é que o GRUB ou outras partes do processo de inicialização funcionam apenas com partições 'tradicionais' do DOS, que são limitadas ao manuseio de volumes de 2 TB. Tornar algumas partições menores não ajuda, porque o problema está na tabela de partições, não nas partições.
O LVM é melhor suportado que o GPT e é muito mais flexível. Honestamente, você não deveria estar usando partições em nada em torno de uma TB ou mais.
Antes que alguém se meta: sim, você pode usar o LVM nos dispositivos "brutos" sem nenhuma tabela de partições.