O problema foi resolvido recriando meticulosamente as estruturas de pastas do armazenamento interno do meu telefone e movendo os arquivos das pastas antigas [corrompidas?] para novos diretórios usando o gerenciador de arquivos do meu telefone. Esses novos diretórios foram exibidos corretamente em desktops.
Nautilus e qualquer outro gerenciador de arquivos de desktop não era útil para tal tarefa, já que essas pastas "quebradas" são exibidas como arquivos regulares via MTP.
Problema difícil de explicar, ainda não tenho certeza do que aconteceu exatamente, mas recuperei meus dados em pastas reais.