Você não pode. As configurações de system.webServer devem ser armazenadas somente no arquivo applicationhost.config. O web.config pode ter alterações ou modificações específicas do site, mas a configuração específica do site é sempre armazenada no applicationhost.config. são elemento e são por sua vez elemento.
Do IIS 7 Resource Kit:
ApplicationHost.config contains configuration sections and settings that only make sense globally on the server. For example, it contains site, application, and virtual directory definitions in the section and the application pool definitions for the section.