O Windows controla se um arquivo foi ou não baixado da Internet (ou expandido de um arquivo zip, até mesmo) pelo uso de fluxos de arquivos. Há um fluxo associado ao .exe que efetivamente diz "Eu vim de www.example.com".
Se você quiser desabilitá-lo para esse arquivo, e como é um trabalho em lotes, você pode excluir o fluxo usando
HTH