O MySQL, até onde eu sei, não tem como limitar artificialmente o uso de recursos por um usuário.
Geralmente, você não limita o acesso / consultas ao banco de dados diretamente, se quiser oferecer diferentes níveis de serviço aos clientes que fizer em outro nível (por exemplo, limitar o número de processos respondendo a solicitações da Web, isso limitará indiretamente o uso de recursos em toda a infra-estrutura de back-end).
Os usuários que fazem uso excessivo de um sistema compartilhado até o ponto de criar problemas para outros usuários geralmente são detectados por outros meios (por exemplo, o monitoramento do sistema alertará você sobre um sistema que não responde) e serão mortos manualmente. Mas isso não é "agendamento" regular de operações normais, é a detecção e resposta a problemas.