Inicialize a partir do disco de instalação original. Selecione "Reparar o Windows". Ele irá abrir um prompt de comando. De lá, insira:
sfc /offbootdir=[boot drive path] /offwindire=[windows path]
Este comando é comumente:
sfc /offbootdir=C:\ /offwindire=C:\Windows
Isso fará a varredura de todos os arquivos que estão faltando ou corrompidos e deve corrigi-los.