O serviço deve ser executado como uma conta de usuário de domínio, conceder permissões adequadas aos recursos de rede para essa conta e torná-lo um administrador local (ou apenas conceder permissões de NTFS adequadas) no servidor em que está sendo executado.
Como alternativa, você pode ter seu serviço em execução como LocalSystem, mas terá controle total sobre o servidor e, para conceder acesso a recursos de rede, você precisará atribuir permissões à conta de computador do servidor no domínio.
Sugiro strongmente a primeira opção.