Espero que você tenha analisado o artigo Usando o FastCGI para hospedar aplicativos PHP no IIS 7.0 . A menos que haja alguma falta / falta de configuração em .php eu nunca vi o IIS servindo páginas erradas. Você pode certamente verificar os arquivos de log do IIS para verificar o mesmo.
Não quer frustrar você, mas acontece de nós ignorar muitas coisas, especialmente quando se trabalha com um novo ambiente como o IIS 7.