Soa como um problema com o instalador exe em que o exe principal que você está executando não é o processo principal do instalador, ele apenas inicia o instalador real e sai. Portanto, a sequência de tarefas acha que a etapa está concluída e pode passar para a próxima etapa.
Eu poderia jurar que os aplicativos da Autodesk têm uma ferramenta de implantação que pode criar uma implantação padrão do MSI. Se você alterar suas etapas de sequência de tarefas para usar msiexec com o MSI, provavelmente não terá mais o problema.