Procure no seu arquivo httpd.conf
por qualquer diretiva <Directory>
que possa estar substituindo suas instruções .htaccess
.
Veja também os arquivos no diretório /etc/httpd/conf.d/
(dependendo de qual distro Linux você estiver usando), ou onde quer que você esteja mantendo os arquivos incluídos automaticamente.
As diretivas no arquivo httpd.con
têm a prioridade mais alta, e as diretivas que você emite em .htaccess
só são seguidas se não entrarem em conflito com as diretivas httpd.conf.