Seu desempenho será afetado mais ou menos, já que os dois sistemas estão competindo por recursos de máquinas e cabe a você decidir se esse desempenho é aceitável ou não. Essa é uma pergunta muito ampla para ser respondida em uma comunidade on-line, pois depende muito de seu uso específico em seu ambiente.
Em geral, é melhor tê-los em máquinas dedicadas, mas ymmv ...