Eu duvido que isso vá funcionar, o material substituto provavelmente está acontecendo de antemão. Eu não estou 100% aqui sem vasculhar a documentação.
O que eu faço é olhar para a diretiva AccessFileName que pode ser especificado por VirtualHost.
Especifique um AccessFileName diferente nos dois VirtualHosts e você deve estar pronto. Lembre-se de que isso alterará o nome do arquivo que o Apache procura para substituir as diretivas de todos os subdiretórios acessados através do VirtualHost também.