Desculpe, mas não há aplicativo que faça exatamente o que você deseja; o gerenciador de arquivos que você mencionou chega mais perto. Então você pode acessar a maioria dos arquivos usando uma interface gráfica e pode excluir o que quiser.
Se você quer fazer mais, você precisa colocar o seu telefone no modo de desenvolvedor e execute o gerenciador de arquivos como root também.
Aviso : você pode excluir tudo ao usar o modo raiz, incluindo arquivos do sistema que podem, em seguida, bloquear o seu telefone. (Não, eu não testei isso!)