Eu acho que você está certo de que isso está relacionado ao NRPT, mas acho que a causa raiz é que o NRPT sabe que você está dentro da empresa e está (corretamente no que diz respeito) optando por usar o IPV6 mesmo que não seja disponível neste local. Meu entendimento do mecanismo de Detecção de Conectividade Corporativa é que ele deve descobrir isso - ele deve passar por vários testes para garantir que ele tenha conectividade IPv6 completa de volta à rede corporativa "central", mas claramente algo se soltou. . O cenário em que você está tendo problemas depende do ISATAP e, possivelmente, o problema está relacionado a esse aspecto do DirectAccess.
Existem algumas informações sobre este neste artigo do technet onde Descrever as etapas necessárias para ativar cenários de filiais.