Qualquer código em execução no pool de aplicativos será executado usando essa identidade e não o usuário autenticado, mas o servidor IIS usará a autenticação passada para verificar se o usuário realmente tem acesso aos arquivos atendidos do diretório e para definir a propriedade em novos arquivos criados por esse usuário.
Qualquer acesso ao banco de dados de back-end por meio de, por exemplo, código .net aconteceria sob o pool de aplicativos embora.