Sim, seria ideal unificar as unidades (ou apenas eliminar uma). Em vez de usar o Samba, você pode experimentar um dos vários leitores ext2 para Windows (ext2ifs, ext2fsd, Virtual Volumes, etc.). (Não, isso não é um erro de digitação, você o montaria como ext2. O Windows aparentemente não suporta sistemas de arquivos com journal. Ext3 é, até onde eu sei, completamente compatível com versões anteriores.)