O uso do % {Host} i em seu formato de log deve fornecer o conteúdo do cabeçalho "Host" ... que parece ser o que você deseja.
Citação da documentação:
%{Foobar}i - The contents of Foobar: header line(s) in the request sent to the server. Changes made by other modules (e.g. mod_headers) affect this. If you're interested in what the request header was prior to when most modules would have modified it, use mod_setenvif to copy the header into an internal environment variable and log that value with the %{VARNAME}e described above.
Espero que isso ajude.