Estou fazendo um palpite aqui, mas acho que tem a ver com o tamanho médio do arquivo fragmentado (por exemplo, quantos arquivos estão fragmentados versus não), e deles tamanho como uma porcentagem do total de arquivos.
Por exemplo, em um dos meus servidores de produção, eu tenho 0% de fragmentação para todos os arquivos, um que é o arquivo MDF do banco de dados. O arquivo de 60 GB está em dois fragmentos, mas o relatório de fragmentação total indica 73%.
Espero que isso faça sentido.