Eles são compatíveis somente se você desligar o sistema operacional convidado, eles não podem ser compartilhados com instantâneos ou no estado "salvo".
Desligue a VM no Windows 2008, exporte-a e importe-a no Windows 2008 R2 (Hyper-V V2) e ela funcionará. Se você esquecer de desligá-lo (como eu fiz no meu primeiro teste), você pode opcionalmente excluir o estado salvo e iniciá-lo a partir daí e ele funcionará.
Poderia haver um patch necessário para permitir que ele fosse do R2 de volta ao Windows 2008 normal, mas por que você faria isso? ... obtenha o R2.