Para corrigir esse problema (no momento desta pergunta), você precisará definir uma variável de ambiente adicional durante a instalação.
Para uma plataforma de 32 bits, faça:
sudo env ARCHFLAGS="-arch i386" gem install mysql
Para uma plataforma de 64 bits, faça:
sudo env ARCHFLAGS="-arch x86_64" gem install mysql
Uma vez concluídas, suas migrações devem ser bem-sucedidas (supondo que nenhum outro fator esteja impedindo as migrações).