ln -s /path/to/source /path/to/dest
deve funcionar em qualquer sistema de arquivos normal.
O que você vê com ls -lh /mnt/ebs1/httpd
? O link simbólico é criado? Se estiver, verifique se o apache tem permissão para abrir o diretório e ler os arquivos de configuração. Para fazer isso, digite ls -l /mnt/ebs1/
e procure por "x" e "r" bits nas permissões (início da linha).
Atualizar após comentário:
As permissões estão bem AFAIK. Você deve se concentrar no apache então. Há algum erro nos logs? O que a depuração diz?