Eu consegui fazer o INI customizado carregar, mas ele ainda está carregando outros arquivos .ini do local padrão.
Eu criei um wrapper fcgi que passou o valor ini como um parâmetro. Isso funcionou. Agora, apenas esses outros ini precisam ser carregados do mesmo diretório que meu personalizado ini.
O problema é que os outros arquivos .ini estão sobrescrevendo as configurações no meu php.ini personalizado = /
Sei que o problema agora é que o php.fcgi foi compilado com um parâmetro de caminho personalizado. Então isso é um problema. Eu poderia ter que recompilar usando um local diferente ou nenhum. Eu odiaria ter que compilar um fcgi para cada domínio = /
Veja o link
Suponha que você tenha um php5.fcgi e um /home/domain/fcgi-bin/php.ini que deseja carregar
Em seu php5.fcgi mude a linha exec para sth como
exec /usr/bin/php-cgi -n -c /home/domain/fcgi-bin/php.ini
(você pode precisar alterar o caminho do executável do php-cgi dependendo de onde sua distro o possui. Este exemplo é para debian)
-n desativa todos os arquivos php.ini para que nenhum outro arquivo php seja carregado e -c define o arquivo php que você deseja carregar