Meu palpite , baseado na documentação do eAccelerator , é que ele é armazenado em cache mais do que você deseja para.
Eu acho que o que você quer fazer é virar
eaccelerator.shm_only = "0"
para
eaccelerator.shm_only = "1"
Talvez:)
Ou você pode considerar quota
-ing o diretório de cache? Não tenho certeza se isso iria sair pela culatra, ou se iria limitar seu tamanho, no entanto.
Além disso, você pode ver a opção tempo de compilação --with-eaccelerator-shared-memory
. Não tenho certeza se isso está relacionado, mas se os scripts também estão armazenando resultados no cache - isso pode ser um problema?