Não entre na bagunça insustentável que é um servidor baseado em pacotes com um monte de coisas instaladas a partir de fontes nele. A melhor abordagem para preservar sua sanidade é obter o SRPM para MySQL e construir uma versão mais nova com suas próprias modificações, em seguida, armazenar seus SRPM e RPMs resultantes para que você possa reimplementá-los facilmente em outro lugar.