Eu planejaria os backups do MySQL separadamente para o Backup do Windows Server, por várias razões, não apenas por todas as verificações de consistência e evitando a corrupção se houver erros de E / S e os arquivos de dados estiverem corrompidos.
Dessa forma, seus backups incrementais do Windows podem levar os arquivos de backup (em oposição aos arquivos de dados) e você será coberto.