Eu tive um problema semelhante após a atualização do Ubuntu Gnome 15.10 para o Ubuntu Gnome 16.04. Não consegui clicar em janelas com o ponteiro do mouse ou selecionar itens de menu depois de pressionar a tecla Iniciar.
Eu encontrei um guia sobre Como eu instalo o driver Nvidia para uma GeForce GT 630? de Corey Goldberg, que funcionou perfeitamente para mim. Os downloads demoraram um pouco, mas minha GUI do Gnome está funcionando muito melhor.
Boa sorte!