Se você apontar o nome do domínio para o nome de domínio que deseja usar, não será um problema.
Por exemplo, redirecione www.example.net
para www.example.com
.
Os mecanismos de pesquisa geralmente deixam você sozinho nisso.
Outro (problema mais comum) é quando alguém tem example.com
e www.example.com
apontando para o mesmo local. A solução para isso seria algo assim:
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.example\.com
RewriteRule (.*) http://www.example.com/$1 [R=301,L]
Você deve ter o exemplo acima e modificá-lo para atender às suas necessidades.