Você poderia compartilhar um pouco mais de informações sobre por que você deseja subordinar o conjunto de sites raiz existente a um novo conjunto de sites em seu lugar? Sites de Internet e Intranet normalmente têm diferentes públicos-alvo, e colocar conteúdo em um lugar onde usuários autenticados e não autenticados terão acesso está solicitando a divulgação acidental de informações, pois ainda estou vendo uma instalação do SharePoint onde as pessoas não estragam permissões e herança. Além disso, como você está descobrindo, você terá que (manualmente) atualizar uma tonelada de links.
Eu acho que o processo seria muito mais fácil usando mapeamentos de acesso alternativos, aplicativos da Web separados e links do que seria mover todo o conjunto de sites.
intranet.domain.com - > aplicativo da web e conjunto de sites existentes
internet.domain.com - > novo aplicativo da web e um conjunto de sites raiz separado. (você pode fornecer um link para a intranet do site da Internet, se necessário, por algum motivo)