Você pode fazer um mysqldump --no-data em ambos os bancos de dados e diferenciá-los manualmente. Como alternativa, você pode usar algo como SQL Fairy , que pode diferenciar dois bancos de dados e gerar o SQL necessário para alterar o esquema de um banco de dados para corresponder ao outro. . Eu acredito que ele pode trabalhar diretamente com os bancos de dados, ou com o SQL gerado com mysqldump --no-data.