A mensagem indica que o switch está vendo muitos endereços de origem Ethernet diferentes na porta. Há vários possíveis motivos legítimos para a máquina tentar usar mais de um endereço Ethernet por interface física.
Você está executando alguma máquina virtual no seu servidor (VMware ou similar)? Isso pode causar vários MACs legítimos.
Você está executando algum software de alta disponibilidade? Alguns métodos usados para resiliência dependem de ter um MAC para a máquina física e um MAC usado para um IP de serviço que flutua entre as máquinas (VRRP e HSRP são dois protocolos para facilitar isso).
Você se certificou de não ter problemas de hardware ou driver? Como raio diz, drivers ou hardware com defeito podem causar esse tipo de comportamento.
Você verificou a máquina a partir de uma "inicialização limpa conhecida"? Pode ser que você tenha uma infestação de malware inteligente o bastante para se esconder de suas ferramentas de varredura, mas inspecionar o disco de um host em bom estado (ou uma inicialização limpa, somente mídia de leitura) pode contornar o (s) método (s) usado (s) esconder.