OpenVas e Nessus são as duas ferramentas mais populares para usar.
Se você quiser mais controle sobre seus recursos, terá que ir para um nível mais granular de controle - por exemplo, escrevendo seus próprios scripts nmap. Eu não acho que há um nível intermediário - um em que você tenha um nível significativo de controle sobre os recursos e o tipo de trabalho realizado, sem exigir também conhecimento detalhado / implementação personalizada de varreduras.