O S3 não suporta pastas. Você pode colocar um / no nome do arquivo para simular pastas, mas eles são realmente apenas objetos no bloco.
Existem duas maneiras de resolver seu problema. Você pode criar um novo intervalo para cada servidor (não recomendado pela Amazon, pois pode atingir rapidamente o limite de 100 buckets) ou usar um esquema de nomenclatura estruturado.
Eu pessoalmente uso data-hostname-imagetype como meu esquema de nomenclatura. No seu caso, você provavelmente desejaria datilografar o tipo de arquivo ou algo assim.
Depois, você pode classificar a lista e excluir os arquivos desnecessários.
Boa sorte!