Isso acontece durante uma varredura completa automatizada? Talvez fique preso em um arquivo que está bloqueado no seu servidor. Você tentou executar uma verificação completa manual?
Também pode ficar sem recursos se a quantidade de arquivos verificados. Uma vez me deparei com erros em uma pasta com muitos documentos. A remoção dessa pasta resolveu os problemas do Defender, que reapareceram assim que eu copiei a pasta de volta para a máquina.
Uma alternativa para você tentar: desinstalar o Windows Defender e reinstalar a versão mais recente. Talvez algo tenha dado errado na configuração.