Fazemos algo semelhante à sua primeira sugestão
Nós compactamos tudo, copiá-lo e, em seguida, fazemos ping em um site protegido por senha que só pode ser acessado internamente para descompactar a parte superior do site antigo. Nós executamos scripts SQL após a cópia zip, mas antes da descompactação.
De qualquer forma, você sugeriu que eles funcionarão, mas, como você mencionou, se você tiver um URL de implantação acessível externamente, é melhor ter certeza de que é seguro o suficiente.