Como sugerido pelo comentário de Alexander, parece que você está tentando alterar as listas de controle de acesso por meio da interface de gerenciamento do IIS quando realmente precisa alterar ACLs de diretório individuais através do Explorer.
Você também pode precisar alterar a maneira como o Explorer mostra segurança e compartilhamento de informações (menu Ferramentas, Opções de Pasta ..., guia Exibir) para desabilitar "Compartilhamento Simples" ou "Assistente de Compartilhamento".