Você está passando por um Gateway TS e por um firewall? Se assim for, aqui está o caminho pode estar acontecendo ...
Quando você minimiza o RemoteApp, a conexão HTTPS / TCP que o cliente da Área de trabalho remota está usando para encapsular o tráfego RDP fica inativa.
O firewall, pensando que sua sessão RPD encapsulada é apenas uma conexão normal de navegador da Web HTTPS aguarda algum tempo limite após não ver nenhuma atividade e, em seguida, fecha a conexão.
Eu odeio criar um link para eles, mas o ExpertSexChange tem uma discussão decente sobre o assunto:
link
A solução deles foi estender o tempo limite configurado no firewall.
A única outra menção que encontrei foi uma nota de lançamento de uma atualização de firmware da Juniper Networks SSL VPN. Menciona adicionar suporte para RemoteApps. Isso me levaria a pensar que há alguns requisitos de rede que podem não ser documentados pela Microsoft e variam de acordo com cada dispositivo de rede e fornecedor. Link está aqui: link