parece que você instalou python mais de uma biblioteca e matplotlib instalada com python que atualmente não é usada por Pycharm por padrão. então, no seu script python, adicione #!/usr/bin/env python
ou caminho completo do interpretador python que possui matplotlib .
se você estiver usando o python instalado pelo sistema por padrão, use python-matplotlib se você instalar python3-matplotlib , então ele criará um problema ou vice-versa. nessa situação, você deve mencionar o caminho completo do interpretador python que deseja usar.
eu acabei de instalar apenas python-matplotlib usando
sudo apt-get install python-matplotlib
e capaz de executar código usando
python test.py