O Storage Gateway funcionará, mas você acha que é um exagero para seus objetivos.
Se tudo o que você está fazendo é fazer o backup dos dados, você pode ser mais bem atendido configurando uma tarefa do cron por noite para executar o comando aws s3 sync /path/to/data s3://bucket/folder/
para sincronizar quaisquer dados diretamente necessários para o S3 sem passar por um intermediário de compartilhamento de arquivos montado.
Junte-se a isso com o gerenciamento de versão e ciclo de vida no intervalo e você pode criar uma solução de backup bastante robusta.
No entanto, dito isto, a melhor abordagem é não armazenar nada nas instâncias que precisam de backup. Claro, isso depende muito do seu caso de uso específico.