Ah; encontrei o problema e consertei. Aparentemente, minhas configurações da Nvidia não estavam reconhecendo meu SLI, e estava me forçando a usar o Xinerama e um único X Screen em cada monitor, em vez de uma única tela X espalhada por três monitores, e aparentemente isso estava causando problemas. Modificando o meu arquivo de configuração X manualmente para ser muito semelhante a corrigiu tudo.