Sim, você poderá acessar seus dados, é claro.
Há muitas maneiras de fazer isso e vou sugerir-lhe 2 aqui.
1) Você descriptografa sua partição inicial antes da reinstalação e pode fazer isso usando o seguinte comando:
#ecryptfs-setup-private --undo
Aqui está o passo a passo sobre como remover a descriptografia da sua casa.
http://rayslinux.blogspot.ie/2011/01/caught-out-by-being-overzealous-remove.html
Eu tentei e funcionou para mim.
2) Você pode instalar o seu sistema e escolher / home partition o já existente, desmarcando para formatar a partição e isso basicamente irá levá-la como / home, mas você ainda precisará acessá-la, pois ela é criptografada .
#ecryptfs-unwrap-passphrase
#ecryptfs-recover-private
são as duas principais ferramentas com as quais você trabalhará. Você pode encontrar diferentes instruções sobre isso, mas aqui está o passo a passo:
http://www.howtogeek.com/116297/how-to-recover-an-encrypted-home-directory-on-ubuntu/
Existem muitas outras maneiras de fazer isso, mas a maneira mais fácil seria remover a criptografia antes da reinstalação.