Backup parcial, como o seu, só pode ser restaurado com --prepare --export. que gera apenas alguns arquivos .cfg nos arquivos .ibd. A "restauração", deve ser "ALTER TABLE .. DISCARD TABLESPACE", "ALTER TABLE IMPORT TABLESPACE" para cada tabela no sistema de destino. Infelizmente, ele não é 100% automatizado, porque para descartar um espaço de tabela em um sistema de destino, você primeiro precisa criar um espaço de tabela no sistema de destino, com o mesmo "CREATE TABLE"