O problema parece resolvido após a atualização em 6 de novembro de 2015 e uma reinicialização.
Depois de atualizar para os pacotes Ubuntu 14.04 mais recentes (a partir de 1º de novembro de 2015), a interface do usuário aparece quebrada no Beyond Compare e no TortoiseHG. A maioria dos itens não é visível e quando eu movo o mouse sobre a janela, alguns elementos da interface do usuário estão piscando. Beyond Compare screenshot
Eu pude identificar que ambos usam o Qt 4, então acho que o problema pode estar neste pacote.
O problema parece resolvido após a atualização em 6 de novembro de 2015 e uma reinicialização.