Opções relacionadas a Índices e os likes não fazem sentido dentro de Files / FilesMatch, ele é destinado a "diretórios".
Você deve tentar algo como:
<Directory /path/to/documentroot>
DirectoryIndex index.html index.htm index.shtml welcome.html index.php
Options +Indexes +Multiviews +Includes +FollowSymLinks
<FilesMatch \.php>
SetHandler "proxy:fcgi://127.0.0.1:9000/var/www/"
</FilesMatch>
</Directory>
Nota: os índices mostrarão uma lista de diretórios.