O antivírus Kaspersky acabou por se revelar. Após minha pesquisa intensiva e uma troca de suporte por e-mail com eles, ficou claro que a verificação diária do sistema de arquivos estava “tocando” os arquivos no diretório bin ASP.Net, de uma forma muito vaga (alterando e restaurando as datas dos arquivos). Veja esta postagem de suporte da Kaspersky:
Eles forneceram uma correção para isso.