Não tenho certeza se isso funcionará, pois não estou familiarizado com o Apache. Mas um rápido google e talvez algo como o seguinte funcionará:
Primeiro, ative o módulo do apache mod_headers Veja aqui sobre como fazer isso.
Em seguida, defina seu bloco de diretório em sites habilitados para:
<Directory /var/www/html/nav>
DirectoryIndex nav.exe
AllowOverride All
Require all granted
SetEnvIf Request_URI "^.*/([^/]*)$" FILENAME=$1
Header set "Content-disposition" "attachment; filename=%{FILENAME}e"
UnsetEnv FILENAME
</Directory>
O e no final de {FILENAME} aparentemente significa o conteúdo do ambiente FILENAME. Então não deixe isso de lado. Se isso funcionar, não tenho certeza se isso resultará em um arquivo que deseja ser chamado de nav.exe
ou nav
.
Esta é uma amostra adaptada do link que lhe enviei. Experimente e veja.