Você está melhor com uma instalação completa.
A persistência usa um arquivo de sobreposição de vaca (cópia em gravação). o arquivo vaca fica cada vez maior e muitas vezes falha.
A persistência é útil, IMO, se você quiser manter as configurações do usuário ou do sistema e / ou os dados em / home entre as inicializações.
A persistência é "OK" quando você instala alguns pacotes.
A persistência falha quando você tenta usá-lo como um substituto para uma instalação padrão e atualiza todos os pacotes ou instala um grande número de pacotes.
A persistência falha quando você tenta instalar drivers proprietários, como nvidia ou ati.
Portanto, com uma unidade de 16 Gb, IMO, é melhor fazer uma instalação padrão.