Duas coisas.
Primeiro, não se preocupe com várias versões do PHP em um servidor IIS. O módulo Gerenciador de PHP permitirá que você configure qual PHP você está usando. Embora por padrão no cenário que você explicou, o PHP 7.1 será o padrão.
Acredito que a última versão instalável ou executável de um instalador do PHP que o PHP forneceu foi 5.3. Eu suspeito que o WPI precise de bits do instalador 5.3 para facilitar a instalação de versões subseqüentes do PHP no WPI, como 5.6, 7.0 e 7.1. Isso parece estranho e a Microsoft não deve fazer as coisas desta forma, mas como um usuário de longa data do IIS e PHP, eu não encontrei nenhum problema ou problema em permitir que o WPI faça o que quiser.
Espero que ajude.